Juan Mora Fernandez war ein costaricanischer Politiker und Rechtsanwalt, der am 12.Juli 1784 in San Jose geboren wurde und am 16.Dezember 1854 in derselben Stadt verstarb. Er war der erste Präsident der Republik Costa Rica nach deren Unabhängigkeitserklärung.
Seine Eltern waren Mateo de Mora Valverde und Lucia Encarnacion Fernandez Umaña, sein Bruder Joaquin Mora Fernandez war ebenfalls ein wichtiges Staatsoberhaupt. Am 13. Januar 1819 heiratete er Juana del Castillo in San Jose, die Nichte des Presbyters Florencio del Castillo, mit der er anschließend elf Kinder bekam.
Mora Fernandez beteiligte sich aktiv am Kampf um die Unabhängigkeit Costa Ricas. Im Jahr 1821 nahm er an einem Verfassungsgesetzesentwurf teil, das die Grundlage für die Organisation des neuen unabhängigen Staates legen sollte. Im April 1823 nach der Schlacht von Ochomongo, gelang es den Republikanern ihre Idee von einem Staat umzusetzen und Cost Rica wurde zu einer Republik mit förderalistischen Charakter. 1824 wurde Fernandez dann von der Regierung San Joses zum Präsidenten gewählt. Somit stand der erste Staatschef des zentralamerikanischen Landes nach der effektiven Ausrufung der Unabhängigkeit fest. Nach Ablauf seines Mandats im Jahr 1829 wurde Mora erneut bis 1833 in die Präsidentschaft gewählt.
In den acht Jahren seiner Regierung hatte Juan Mora Fernandez die ewige innere Instabilität des Landes zum Problem, welche durch die Konfrontation zwischen Förderalisten und Monarchisten immer wieder hervorgerufen wurde. Zudem wurde Costa Rica stark durch seine Nachbarn, vor allem Nicaragua bedroht. Die Mora-Regierung führte eine Reihe wichtiger progessiver Reformen ein, die auf die Modernisierung und Demokratisierung des politischen Lebens und der Gesellschaft in Costa Rica abzielten. Die Hauptaufgabe Mora’s war zweifellos die Schaffung und Konsolidierung unabhängiger costaricanischer Institutionen. Ihm ist auch die Schaffung der Münze Costa Rica’s zu verdanken.
Nach seiner zweiten Amtszeit erhielt er die Wiederwahl nicht noch einmal, behielt jedoch seinen Einfluss im politischen Leben des Landes bei. 1837 wurde er während der ersten Amtszeit von Braulio Carrillo (1835-1837) zum Vizepräsidenten ernannt. 1838 verübte Carrillo einen Staatsstreich, der die verfassungsmäßigen Garantien beendete. Mora, der stark gegen die Diktatur rebellierte, brachte dies ins Exil. Nach dem Sturz von Carrillo im Jahre 1842 kehrte Juan Mora Fernandez nach Costa Rica zurück. Die Politik hatte er allerdings für immer aufgegeben, bis zu seinem Tod mit siebzig Jahren praktizierte er als Richter. 1848 wurde er vom Nationalkongress zum verdienstvollen Sohn des Vaterlandes ausgezeichnet.